ETH Research Data Management Summer School 2025

Git ist ein System zur Versionsverwaltung, mit dem Code-Änderungen nachvollzogen und die Softwareentwicklung in Teams koordiniert werden kann. Für die moderne Softwareentwicklung ist ein solches Tool unabdingbar.

Die Arbeit mit Git könnte für Sie interessant sein, wenn Sie eine der folgenden Fragen mit «Ja» beantworten können:

• In einigen meiner Code-Dateien sind Datums- oder Versionsangaben kodiert, z. B. «script_abc_from_july_2020.py»
• Ich möchte an meinem Code eine z. B. vor mehreren Wochen vorgenommene Änderung rückgängig machen
• Ich möchte meinen Code mit einer älteren Version abgleichen, da er nicht mehr funktioniert
• Ich arbeite mit anderen zusammen an demselben Code
• Ich möchte auf öffentlichen Quellcodeverzeichnissen wie github.com und gitlab.com Code veröffentlichen

Schwerpunkt des Workshops

In diesem Workshop werden Grundlagen, die nützlichsten Befehle sowie bewährte Praktiken für die Arbeit mit Git sowie mit GitLab und GitHub vermittelt. Ausserdem wird eine Einführung in die Arbeit mit der Befehlszeile/dem Befehlsterminal des eigenen Computers gegeben.

Lernziele

Grundlagen von Git verstehen: Was kann Git und wie und wann ist es einzusetzen?

Veröffentlichung der eigenen Arbeit in öffentlichen Verzeichnissen wie gitlab.com und github.com

Zielgruppe

Forschende, die mit Programmcode oder Textdateien arbeiten.

Vorkenntnisse

Es sind keine Vorkenntnisse erforderlich.

Das System externe Seite openBIS kombiniert die Funktionen einer Datenmanagementplattform, eines elektronischen Laborjournals und eines Inventarmanagementsystems. openBIS unterstützt Forschende dabei, die Anforderungen von Forschungsförderstellen, Zeitschriften und wissenschaftlichen Einrichtungen beim Publizieren entsprechend den FAIR-Prinzipien einzuhalten. Forschende können mit openBIS ihre täglichen Versuchsarbeiten und Kalkulationen dokumentieren, dazugehörige experimentelle Rohdaten und abgeleitete Daten speichern und diese mit den gespeicherten Materialien, Proben und Protokollen im Laborinventar verknüpfen. Das System ermöglicht die sichere Datenspeicherung und Datenrückverfolgung.

openBIS ist eine Open-Source-Software, die unter der Apache-v2.0-Lizenz bereitgestellt wird und von den ETH Zürich Scientific IT Services (ETH SIS) entwickelt wurde. ETH SIS erbringt Dienstleistungen, die auf openBIS basieren, für Forschungsgruppen an der ETH Zürich und externe Seite andere wissenschaftliche Einrichtungen in der Schweiz.

Lernziele

In diesem Workshop geben wir zunächst einen allgemeinen Überblick über openBIS. Danach folgt eine praktische Schulung. Am Ende des Workshops können die Teilnehmenden:

• das openBIS-Inventar für Materialien und Proben verwenden
• das openBIS-Inventar für Laborprotokolle verwenden
• Projekte und Versuche im openBIS-Labor-Notebook dokumentieren und Daten eingeben

Zielgruppe

Experimentalwissenschaftlerinnen und -wissenschaftler, die in Forschungslaboren arbeiten.

Vorkenntnisse

• Wissen/Kompetenzen
  Dieser Workshop richtet sich an Einsteigerinnen und Einsteiger und erfordert kein Vorwissen.

• Technische Ausstattung
  Die Teilnehmenden müssen über einen eigenen Laptop verfügen. Am Workshop wird für die Teilnehmenden ein openBIS-Testserver bereitgestellt. Es wird empfohlen, als Webbrowser Firefox, Safari oder Chrome zu verwenden.

Das Workshopmaterial wird einige Tage vor dem Workshop zur Verfügung gestellt. Die Teilnehmenden müssen das Material auf ihre Laptops herunterladen und am Tag des Workshops zur Verfügung haben.

Möchten Sie bewährte Praktiken im Datenmanagement befolgen, aber wissen nicht, wo Sie starten sollen? Renkus Datenmanagement-Werkzeugkasten hilft Ihnen, jeden Aspekt Ihres Projekts zu managen – Daten, Code, Workflows und Rechenumgebungen, so dass Sie sicher sein können, dass andere Ihre Forschung finden, verstehen und wiederverwenden können (oder sogar Sie selbst in sechs Monaten). Renku ist eine Plattform für reproduzierbare und kollaborative Datenanalyse. Sie ermöglicht Zugriff auf containerisierte, interaktive Rechenumgebungen mit einem Klick und ohne Vorwissen über zugrundeliegende Technologien.

Renku basiert auf modularen Projektkonfigurationen, mit denen Sie Ihr Projekt mit einer Mischung aus Code-Repositories, Datenquellen und Rechenumgebungen starten und diese im Laufe der Projektentwicklung weiterentwickeln können. In einer frühen Phase eines Projekts benötigen Sie vielleicht nur eine schnelle Möglichkeit, um einen Datensatz in einer kleinen Rechenumgebung für eine grundlegende Datenexploration zu öffnen. Wenn die Datenanalyse vertieft wird, müssen Sie möglicherweise ein Code-Repository hinzufügen, um mit der Versionierung des Codes zu beginnen und strukturierter mit anderen zusammenzuarbeiten. Später könnte jemand anderes im Projekt eine containerisierte App oder ein Dashboard erstellen, um die Dateneigenschaften zu demonstrieren und die Ergebnisse mit Nicht-Expert:innen einfacher zu modellieren. Mit Renku können Sie die Komponenten auswählen, die Sie für die Ausführung Ihres Projekts benötigen.

Renku vereint nicht nur alle erforderlichen Ressourcen unter einem Dach, sondern macht diese Elemente auch durchsuchbar, fördert ihre Wiederverwendung zwischen Projekten und beleuchtet die Verbindungen zwischen ihnen, auch projektübergreifend.  

Schwerpunkt des Workshops

In diesem Workshop lernen Sie, wie Sie Renku nutzen können, um von Anfang an Open-Science-Empfehlungen umzusetzen.

Lernziele

Am Ende des Workshops können die Teilnehmenden:

• Renku einrichten und verwenden, um Daten, Code und Rechenumgebungen auf wiederverwendbare Weise zu verwalten,
• die Plattform nutzen, um Daten, Code und Rechenumgebungen nahtlos mit anderen zu teilen.

Zielgruppe

Forschende, die aktuell rechnergestützte Arbeitsabläufe für Simulationen sowie Datenverarbeitung und -analyse entwickeln und ausführen oder dies in Zukunft tun möchten.

Vorkenntnisse

Es sind keine Vorkenntnisse erforderlich