Gescheiterte Einbürgerung und Ausreise in die USA
Mit dem Anschluss Österreichs an Nazi-Deutschland entstand für Wolfgang Pauli eine bedrohliche Situation. Ein erstes Einbürgerungsgesuch in Zürich wurde Ende April 1938 aus formalen Gründen abgewiesen, worauf Pauli einen deutschen Pass beziehen musste. Gleichzeitig wurde die Lage für seinen Vater in Wien unerträglich. Dank des Einsatzes befreundeter Professoren und des Schulratspräsidenten Arthur Rohn konnte Wolfgang Pauli senior in die Schweiz flüchten und fand an der Universität Zürich eine Arbeitsmöglichkeit.
Nach dem Ausbruch des Zweiten Weltkrieges stellte Wolfgang Pauli in Bern ein zweites Einbürgerungsgesuch, wieder ohne Erfolg. Der Chef der Polizeiabteilung, Heinrich Rothmund, begründete die Ablehnung des Antrags damit, dass Pauli "dem Erfordernis der Assimilation nicht genüge", was Pauli zutiefst kränkte. Die Blitzsiege Deutschlands verstärkten die Bedrohungslage für die Schweiz und für Pauli speziell zusätzlich. Im Falle einer deutschen Besetzung der Schweiz wäre Pauli gemäss den deutschen Gesetzen als Jude behandelt worden.
Dauerhaftes Provisorium an der ETH Zürich
Aus diesem Grund nahm Pauli eine Gastprofessur in Princeton an. Die ETH gewährte ihm dafür im Juni 1940 Urlaub für ein halbes Jahr. Es war jedoch absehbar, dass Wolfgang Pauli als Angehöriger einer kriegführenden Nation während des Krieges nicht mehr in die Schweiz zurückkehren konnte. An der ETH Zürich regte sich Unmut, da sich Kollegen und Studierende mit einem dauerhaften Provisorium begnügen mussten: Die Vorlesungen in theoretischer Physik übernahm jeweils sein Kollege von der Universität, Gregor Wentzel. Doch auch für den Forschungsbetrieb vermisste man den "Haustheoretiker".
Von Seiten der ETH versuchte man Pauli zu einer Rückkehr zu bewegen und drohte ihm mit Auflösung des Dienstverhältnisses. Pauli jedoch beharrte auf seinem Standpunkt, er möchte ja seinen Pflichten nachkommen, doch werde er durch höhere Umstände daran gehindert. Diesem Standpunkt schloss sich auch Bundesrat Philipp Etter an, der aus prinzipiellen Gründen dagegen war, den gewählten Professor zu suspendieren.